전란의 기운이 감도는 봉건 시대 일본. 쉴 곳을 찾아 떠돌던 닌자 주베이는 우연히 히루코 일족과 키몬 일족의 싸움에 휘말린다. 히루코 일족은 그에게 전설의 보물 용보옥과 그것을 지닌 '빛의 무녀' 시구레를 지켜 달라고 부탁한다. 키몬 일족에게 고향 마을을 잃은 시구레, 막부의 첩자 다쿠안, 용보옥을 호시탐탐 노리는 산적 소년 츠부테와 함께 야규 마을을 향한 위험한 여정에 오른 주베이. 진공의 칼날을 날리는 그의 검술 앞에 기괴한 술법을 쓰는 닌자들이 끝없이 모습을 드러낸다.