Takato, Ruki i Lee to dzieci, które zrządzeniem losu otrzymały prawdziwe Digimony, w przeciwieństwie do tych wyimaginowanych w grze karcianej, w którą grają. Każde z dzieci, czyli Pogromców Digimonów, ma inne poglądy na temat tego, jak Digimon powinien być traktowany. Kiedy jednak w Japonii zaczynają pojawiać się inne Digimony, muszą odłożyć na bok dzielące ich różnice i odeprzeć cyfrowych intruzów.