Genesect – những Pokémon côn trùng cổ đại từ 300 triệu năm trước được Đội Hỏa Tiễn hồi sinh và cải tiến công nghệ – đang điên cuồng tấn công thành phố New Tork nhằm biến nơi đây thành tổ kén mới của chúng, bất chấp việc hủy hoại hệ sinh thái của con người. Nhận thấy mối đe dọa, một Mewtwo hoàn toàn mới (được tạo ra từ một phòng thí nghiệm khác với Mewtwo năm 1998) đã đứng ra ngăn chặn. Đều mang nỗi đau bị con người định đoạt số phận, Mewtwo thấu hiểu sự lạc lõng của Genesect nhưng buộc phải chiến đấu để bảo vệ thế giới.